Αμυγδαλές είναι μέρος του λεμφικού συστήματος του σώματος, μέρος του ανοσοποιητικού συστήματος. Υπάρχουν τρία σύνολα των αμυγδαλών στο πίσω μέρος του στόματος, οι αδενοειδείς εκβλαστήσεις, ο Palantine και οι γλωσσικές αμυγδαλές. Ενώ  φροντίζουν την πρόληψη της λοίμωξης, οι αμυγδαλές μπορεί να μολυνθούν και πρέπει να αφαιρεθουν, με μια χειρουργική επέμβαση που ονομάζεται αμυγδαλεκτομή.

Η αμυγδαλίτιδα είναι μια λοίμωξη των αμυγδαλών. Ο πονόλαιμος είναι το πιο κοινό όλων των συμπτωμάτων της αμυγδαλίτιδας. Επιπλέον συμπτώματα είναι ο βήχας, πυρετός, κεφαλαλγία, ναυτία, αίσθηση κούρασης , επώδυνη κατάποση και πρήξιμο αμυγδαλών. Πολλές φορές εμφανίζεται και πύον στις αμυγδαλές. Οι περισσότερες λοιμώξεις του λαιμού και των αμυγδαλών  προκαλούνται από ιούς, αν και κάποιες από αυτές προκαλούνται από βακτήρια. Χωρίς εξετάσεις, δεν είναι δυνατόν να δει ο γιατρός εάν είναι μια ιογενής ή βακτηριακή λοίμωξη. Τα αντιβιοτικά σκοτώνουν τα βακτήρια, αλλά δεν σκοτώνουν τους ιούς. Ωστόσο, ακόμη και αν ένα βακτήριο είναι η αιτία της λοίμωξης των αμυγδαλών ή του λαιμού, ένα αντιβιοτικό δεν κάνει μεγάλη διαφορά στις περισσότερες περιπτώσεις. Το ανοσοποιητικό σας σύστημα συνήθως καθαρίζει αυτές τις λοιμώξεις μέσα σε λίγες ημέρες εάν προκαλείται από έναν ιό ή ένα βακτήριο. Επίσης, τα αντιβιοτικά μπορεί μερικές φορές να προκαλέσουν παρενέργειες, όπως διάρροια, εξανθήματα, και στομαχικές διαταραχές.